過敏性鼻炎AR影響全球超5億人30%–40%患者對現(xiàn)有藥物反應不佳。既往單細胞研究多聚焦免疫細胞而上皮、基質等非免疫細胞的作用尚不清晰關鍵在于單細胞轉錄組scRNA-seq僅反映基因表達水平無法揭示其表觀調控“開關”——這正是單細胞ATAC測序scATAC-seq的獨特價值。近期《JACI》IF11.7發(fā)表一項研究《Decoding the epithelial-stromal interactome in allergic rhinitis through single-cell multi-omics integration》對39例受試者AR 24例對照15例鼻黏膜同步進行scRNA-seq與scATAC-seq構建超100萬細胞圖譜首次揭示AR中“上皮受損—基質異常激活”雙向惡性循環(huán)并開發(fā)深度學習模型scMARIA整合多組學數(shù)據(jù)實現(xiàn)單細胞級AR風險與臨床指標預測為靶向組織重塑的新療法提供機制框架。研究思路研究發(fā)現(xiàn)1 鼻黏膜單細胞圖譜AR組上皮、基質區(qū)室轉錄差異最顯著scRNA-seq獲588,526個高質量細胞聚類鑒定7大類15亞群細胞比例統(tǒng)計檢驗顯示AR組基底、分泌細胞比例下降成纖維細胞上升差異表達分析顯示上皮與基質區(qū)室轉錄差異最突出是核心戰(zhàn)場。02 上皮細胞異質性解析Club細胞比例下降與分化異常上皮細胞重聚類為14個亞型比例檢驗顯示Club細胞在AR顯著減少差異表達分析顯示KRT4/KRT13下調、SOX21上調GSEA提示凋亡/EMT/TNF-α通路激活擬時序分析追蹤分化軌跡偏移配體-受體互作分析顯示Club細胞與其他亞群通訊增強。03 基質細胞異質性解析活化周細胞減少及POSTN與臨床指標相關性基質細胞重聚類為12個亞型scCODA及Wilcoxon檢驗顯示活化周細胞、Fibro_CXCL2顯著減少差異表達發(fā)現(xiàn)POSTN、FADS1上調相關性分析顯示活化周細胞比例與IgE、VAS負相關POSTN表達與臨床指標正相關。04上皮-基質細胞通訊網絡炎癥與血管重塑相關信號通路上調配體-受體互作打分比較AR/NAR組間通訊強度發(fā)現(xiàn)上皮-基質互作整體增強Basal_HIF2A與Club細胞、Fibro_CXCL2最突出按信號通路分類后CCL2、CXCL8/CXCL12、DLL1-NOTCH3、VEGFA/B-FLT1廣泛上調指向炎癥放大—血管重塑機制。05 單細胞表觀組圖譜及SOX21的轉錄-表觀協(xié)同變化與實驗驗證scATAC-seq獲435,620細胞、282,335個染色質峰ChromVAR做motif富集分析。聯(lián)合轉錄組與表觀組發(fā)現(xiàn)SOX21、ISYNA1在AR基底細胞中表達與染色質開放性同步上升進一步用免疫熒光染色10例患者切片驗證SOX21蛋白在KRT5基底細胞中增多完成從組學到濕實驗的閉環(huán)。06 基因調控網絡分析鑒定SMAD3、TWIST1等亞型特異性轉錄因子SCENIC整合雙組學構建728個eRegulon鑒定基底細胞新調控因子SMAD3AUC活性評分比較顯示成纖維細胞SHOX2、TWIST1在AR顯著升高下游靶基因CCL19、PRRX2同步上調。07 scMARIA深度學習模型單細胞級AR風險預測與臨床參數(shù)回歸二分圖匹配算法整合490,702對scRNA-scATAC細胞訓練Transformer模型scMARIA實現(xiàn)單細胞級AR風險預測AUROC 0.722-0.855纖維、基底、分泌細胞準確率超80%臨床參數(shù)回歸上與XGBoost及偽bulk模型對比性能更優(yōu)Integrated Gradient篩選出444基因/56峰核心特征集并以SOCS3為例展示細胞類型特異性的調控峰-基因連接。研究總結本研究核心價值在于把scRNA-seq與scATAC-seq合二為一單看轉錄組只能觀察哪些基因變了聯(lián)合ATAC才能回答為什么會變、是哪個調控開關被打開的兩者相互印證大大提升結論可靠性?；谶@套聯(lián)合分析思路研究將AR病理認知從免疫異常拓展到上皮-基質互作失衡新維度提出Club細胞功能異常、基質促炎重塑及二者正反饋環(huán)路是AR核心機制并首次貫通轉錄組、表觀組、深度學習構建出可預測疾病狀態(tài)與臨床指標的scMARIA模型為開發(fā)非免疫靶向療法提供新方向。 參考文獻Liu Z, Wu Y, Han S, et al. Decoding the epithelial-stromal interactome in allergic rhinitis through single-cell multi-omics integration. J Allergy Clin Immunol. 2026. 單細胞轉錄組+ATAC雙組學解碼過敏性鼻炎：上皮-基質互作失衡機制
過敏性鼻炎AR影響全球超5億人30%–40%患者對現(xiàn)有藥物反應不佳。既往單細胞研究多聚焦免疫細胞而上皮、基質等非免疫細胞的作用尚不清晰關鍵在于單細胞轉錄組scRNA-seq僅反映基因表達水平無法揭示其表觀調控“開關”——這正是單細胞ATAC測序scATAC-seq的獨特價值。近期《JACI》IF11.7發(fā)表一項研究《Decoding the epithelial-stromal interactome in allergic rhinitis through single-cell multi-omics integration》對39例受試者AR 24例對照15例鼻黏膜同步進行scRNA-seq與scATAC-seq構建超100萬細胞圖譜首次揭示AR中“上皮受損—基質異常激活”雙向惡性循環(huán)并開發(fā)深度學習模型scMARIA整合多組學數(shù)據(jù)實現(xiàn)單細胞級AR風險與臨床指標預測為靶向組織重塑的新療法提供機制框架。研究思路研究發(fā)現(xiàn)1 鼻黏膜單細胞圖譜AR組上皮、基質區(qū)室轉錄差異最顯著scRNA-seq獲588,526個高質量細胞聚類鑒定7大類15亞群細胞比例統(tǒng)計檢驗顯示AR組基底、分泌細胞比例下降成纖維細胞上升差異表達分析顯示上皮與基質區(qū)室轉錄差異最突出是核心戰(zhàn)場。02 上皮細胞異質性解析Club細胞比例下降與分化異常上皮細胞重聚類為14個亞型比例檢驗顯示Club細胞在AR顯著減少差異表達分析顯示KRT4/KRT13下調、SOX21上調GSEA提示凋亡/EMT/TNF-α通路激活擬時序分析追蹤分化軌跡偏移配體-受體互作分析顯示Club細胞與其他亞群通訊增強。03 基質細胞異質性解析活化周細胞減少及POSTN與臨床指標相關性基質細胞重聚類為12個亞型scCODA及Wilcoxon檢驗顯示活化周細胞、Fibro_CXCL2顯著減少差異表達發(fā)現(xiàn)POSTN、FADS1上調相關性分析顯示活化周細胞比例與IgE、VAS負相關POSTN表達與臨床指標正相關。04上皮-基質細胞通訊網絡炎癥與血管重塑相關信號通路上調配體-受體互作打分比較AR/NAR組間通訊強度發(fā)現(xiàn)上皮-基質互作整體增強Basal_HIF2A與Club細胞、Fibro_CXCL2最突出按信號通路分類后CCL2、CXCL8/CXCL12、DLL1-NOTCH3、VEGFA/B-FLT1廣泛上調指向炎癥放大—血管重塑機制。05 單細胞表觀組圖譜及SOX21的轉錄-表觀協(xié)同變化與實驗驗證scATAC-seq獲435,620細胞、282,335個染色質峰ChromVAR做motif富集分析。聯(lián)合轉錄組與表觀組發(fā)現(xiàn)SOX21、ISYNA1在AR基底細胞中表達與染色質開放性同步上升進一步用免疫熒光染色10例患者切片驗證SOX21蛋白在KRT5基底細胞中增多完成從組學到濕實驗的閉環(huán)。06 基因調控網絡分析鑒定SMAD3、TWIST1等亞型特異性轉錄因子SCENIC整合雙組學構建728個eRegulon鑒定基底細胞新調控因子SMAD3AUC活性評分比較顯示成纖維細胞SHOX2、TWIST1在AR顯著升高下游靶基因CCL19、PRRX2同步上調。07 scMARIA深度學習模型單細胞級AR風險預測與臨床參數(shù)回歸二分圖匹配算法整合490,702對scRNA-scATAC細胞訓練Transformer模型scMARIA實現(xiàn)單細胞級AR風險預測AUROC 0.722-0.855纖維、基底、分泌細胞準確率超80%臨床參數(shù)回歸上與XGBoost及偽bulk模型對比性能更優(yōu)Integrated Gradient篩選出444基因/56峰核心特征集并以SOCS3為例展示細胞類型特異性的調控峰-基因連接。研究總結本研究核心價值在于把scRNA-seq與scATAC-seq合二為一單看轉錄組只能觀察哪些基因變了聯(lián)合ATAC才能回答為什么會變、是哪個調控開關被打開的兩者相互印證大大提升結論可靠性?；谶@套聯(lián)合分析思路研究將AR病理認知從免疫異常拓展到上皮-基質互作失衡新維度提出Club細胞功能異常、基質促炎重塑及二者正反饋環(huán)路是AR核心機制并首次貫通轉錄組、表觀組、深度學習構建出可預測疾病狀態(tài)與臨床指標的scMARIA模型為開發(fā)非免疫靶向療法提供新方向。 參考文獻Liu Z, Wu Y, Han S, et al. Decoding the epithelial-stromal interactome in allergic rhinitis through single-cell multi-omics integration. J Allergy Clin Immunol. 2026.